Добрый день! Если у вас в договоре прописаны календарные дни, то так и считаете в сооветствии со ст.488 ГК РФ "В случае, когда покупатель не исполняет обязанность по оплате переданного товара в установленный договором срок и иное не предусмотрено настоящим Кодексом или договором купли-продажи, на просроченную сумму подлежат уплате проценты в соответствии со статьей 395 настоящего Кодекса со дня, когда по договору товар должен был быть оплачен, до дня оплаты товара покупателем". Что касается НДС, то здесь все не так просто: до последнего времени Минфин и ФНС настаивали на обложении НДС сумм штрафных санкций, но в последем письме они согласилиь с тем, что эти операции не являются объектом обложения НДС:
Цитата:МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИПИСЬМОот 4 марта 2013 г. N 03-07-15/6333Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел вопрос о применении налога на добавленную стоимость в отношении сумм, полученных продавцами от покупателей за нарушение условий договоров, предусматривающих поставку товаров (работ, услуг), облагаемых налогом на добавленную стоимость, и сообщает.В соответствии с подпунктом 2 пункта 1 статьи 162 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налоговая база по налогу на добавленную стоимость увеличивается на суммы, полученные за реализованные товары (работы, услуги) в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либо иначе связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).В связи с этим полагаем, что при принятии решений налоговыми органами о правомерности применения (неприменения) налогоплательщиками указанной нормы Кодекса следует руководствоваться, в том числе, постановлением Президиума Высшего Арбитражного суда Российской Федерации от 5 февраля 2008 г. N 11144/07 в отношении спора между налоговым органом и ОАО "Волжское нефтеналивное пароходство "Волготанкер" по вопросу обложения налогом на добавленную стоимость сумм, полученных обществом за просрочку исполнения обязательств контрагентом.В данном постановлении указано, что суммы неустойки как ответственности за просрочку исполнения обязательств, полученные обществом от контрагента по договору, не связаны с оплатой товара в смысле упомянутого положения статьи 162 Кодекса, поэтому обложению налогом на добавленную стоимость не подлежат.Следует отметить, что в соответствии с пунктом 1 статьи 330 Гражданского кодекса Российской Федерации неустойкой (штрафом, пеней) признается определенная законом или договором денежная сумма, которую должник обязан уплатить кредитору в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательства, в частности в случае просрочки исполнения.Поэтому в отношении сумм неустойки как ответственности за просрочку исполнения обязательств по оплате товаров, полученных продавцом от их покупателя, следует руководствоваться указанным постановлением Президиума Высшего Арбитражного суда Российской Федерации.В то же время, если полученные продавцами от покупателей суммы, предусмотренные условиями договоров в виде неустойки (штрафа, пени), по существу не являются неустойкой (штрафом, пеней), обеспечивающей исполнение обязательств, а фактически относятся к элементу ценообразования, предусматривающему оплату товаров (работ, услуг), то такие суммы включаются в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость на основании вышеназванной нормы статьи 162 Кодекса.Директор Департамента налоговойи таможенно-тарифной политикиИ.В.ТРУНИН
Суды также придерживаются мнения об отсутствии объекта обложения НДС.
Счет, по моему мнению, выставлять не нужно, платеж пройдет на основании претензии и приложенного к ней расчета пеней.